经学校党委研究决定并于5月6日正式发文，对学校部分内设机构作出调整。

政策研究室与党政办公室合署办公，负责微观政策研究，原政策研究室的宏观研究职能划入高等教育研究所。

成立哈尔滨工程大学法律事务室、对外工作办公室，与信访办公室一起挂靠党政办公室。

党委组织部、党校、机关党委合署办公。撤销党建研究室，其职能划入党校。

原党委学生工作部（处）与党委研究生工作部合并成立新的党委学生工作部/学生工作处。就业指导服务中心挂靠学生工作部（处）。

成立本科生院。撤销教务处，其职能划入本科生院。国家大学生文化素质教育基地、招生办公室、教学评估与教师发展中心挂靠本科生院。

成立研究生招生办公室，挂靠研究生院。

成立重大科研项目管理办公室。撤销“2011计划”办公室，其职能划入重大科研项目管理办公室。中俄中心、重大科研项目管理办公室、知识产权中心挂靠科学技术研究院。

撤销财务与国资管理处（核算中心），分别成立财务处和国有资产管理处。学校招标与采购管理中心挂靠国有资产管理处。撤销经营性资产管理委员会及其办公室，相关资产监管职能划入国有资产管理处。

撤销“211工程”办公室，其职能划入学科专业建设办公室。

哈军工纪念馆挂靠档案馆。

校医院为正处级单位。撤销校医院直属党支部，设立校医院党总支。

成立资产经营有限责任公司。学校招待所资产纳入资产经营有限责任公司监管，由后勤集团负责经营。

设立继续教育学院直属党支部，由机关党委管理。

成立电子政务建模仿真国家工程实验室建设办公室。撤销电子政务建模仿真国家工程实验室（筹）建设领导小组办公室。

国际合作教育学院、继续教育学院、工程训练中心、国防教育学院、校友工作办公室、电子政务建模仿真国家工程实验室建设办公室列为直属单位管理。

计算机科学与技术学院、国家保密学院、软件学院合署办公。撤销软件学院党总支。国家保密学院和软件学院党的工作划归计算机科学与技术学院党委。

人文社会科学学院和马克思主义学院联合党委更名为人文社会科学学院马克思主义学院党委。